14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨母亲节，愿老妈每天都开心，健康常伴身。。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等 旧部出走，成立了反抗 和 的 。 授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的 总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰
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